IMC sa objavuje vtedy, keď sa škodlivé mikróby dostanú do dolného alebo horného močového traktu. Najbežnejšie sú infekcie dolných močových ciest, ktoré sa vyskytujú v močovej rúre a močovom mechúre. Nazývajú sa tiež cystitída. Vo väčšine prípadov pochádzajú baktérie, ktoré napadnú dolné močové cesty, z nášho vlastného tela. Najčastejšia je E. Coli, ktorá sa bežne vyskytuje v tráviacom trakte a môže infikovať močové cesty, keď je močová rúra vystavená baktériám zo stolice.
Vysoko virulentné baktérie, ktoré sa neliečia, sa môžu rozšíriť cez močovody do jednej alebo oboch obličiek a spôsobiť infekciu hornej časti močového traktu. Príznakmi môžu byť bolesť chrbta, nevoľnosť a horúčka. Ak sa nelieči, môže potenciálne poškodiť obličky alebo dokonca spôsobiť zlyhanie obličiek. V niektorých prípadoch sa môže infekcia obličiek rozšíriť do krvného obehu, čo spôsobuje urosepsu, ktorá si vyžaduje okamžitú lekársku starostlivosť. Ak bola diagnostikovaná infekcia horného alebo dolného močového traktu a je potrebná liečba, lekár rozhodne, ktoré antibiotiká a dávkovanie predpíše.
Asymptomatická bakteriúria, nazývaná aj „priateľská“ baktéria, v močovom trakte je neškodné ochorenie, ktoré nie je potrebné liečiť antibiotikami. Tieto baktérie nevykazujú žiadne príznaky okrem zapáchajúceho moču u niektorých ľudí.